Pharmadanmarks hovedbestyrelse varetager den politiske ledelse af foreningen og har også det overordnede ansvar for foreningens drift og økonomi.
Repræsentantskabet er Pharmadanmarks øverste myndighed og består af medlemmerne af hovedbestyrelsen og et antal repræsentanter fra sektionerne.
Pharmadanmarks medlemmer er alle tilknyttet sektioner der er inddelt efter ansættelsessted. 
Pharmadanmarks politiske mærkesager vil sikre en højt kvalificeret arbejdsstyrke, et bæredygtigt arbejdsliv og en troværdig og effektiv patientbehandling.